期间清楚朝廷内部情况。此后，南人汉官屡遭打击，多与冯铨有关。
顺治十二年，加少师兼太子太师。冯铨与大学士洪承畴曾疏请恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官弹劾，期间曾罢官，后复出。
顺治十三年，冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。
顺治十六年，改内三院为内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。
康熙十一年十一月初二日，冯铨卒于家中，享年七十八岁。
康熙十二年正月，赐谥文敏。乾隆朝将其列入贰臣传乙编，并追夺其谥。
冯铨少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，与缪昌期为首的很多词臣发生了男和男的关系。
然而等到他父亲冯盛明被弹劾时，冯铨向缪昌期等人苦苦求救，并更加亲昵，可是缪昌期不但不救，反而当众羞辱冯铨。冯铨由此与缪昌期及其所属的东林党结下梁子，后来投靠魏忠贤，竭力报复。
其“姣媚”连魏忠贤都怜惜，而他在魏忠贤专权期间则与锦衣卫田尔耕最为亲昵，田尔耕在冯铨之母面前也表现得如同“娇婿”一般。
冯铨热衷于打扮，每次入朝值班时，衣箱内都会带着两三双靴子、数件鲜艳衣服，走在路上时频频刷靴下尘土，还会多次自顾其影，镜子也不离身，官帽补服极其奢丽。他还极爱收集古玩，他的寓所中充斥着古董、玩好、奇书、珍玉，还有许多嬖妾、清客狎友。他所置田园都是膏腴之地，而花木之奇远超紫禁城，藏了很多宝贝，堪称“畿甸第一家”。
天启朝的御史
【0732 朱由校想惩治韦宝】(5/11)