但是，毛文龙得知杨国栋弹劾自己，也上疏弹劾杨国栋贪婪扣克。
毛文龙擅入登莱事，登莱巡抚孙国桢是毛文龙乡人，为其弥缝。明眼人一看其中必有猫腻。
故兵科给事中许誉卿于八月二十四弹劾毛文龙擅离洵地，潜入登莱，责令据实回奏。得旨“从之”。
二十八日，户科给事中瞿式耜弹劾孙国桢袒护毛文龙“至以同乡故暱比毛文龙，一如俞咨辜受其馈献，殆无虚月，任文龙冒饷欺君，即如擅离皮岛，闹入登镇，此军机重事，何不入告，仅以一二塘报涂饰中外耳目，岂香火情重，封疆念轻，知参貂之饵而不顾猫鼠之眠耶？登莱何地，可令贪黩之夫滥节旄也”。孙国桢遂被罢，后名列逆案。（《忠宣公集》卷2掖垣疏草《先剔遗奸疏》）
十二月，明廷接到毛文龙的辩疏，只见其中称岛兵闻汰心咸忿惋，入登莱一事是因为飓风所飘
“臣随于本月十六日，调各官营将领点验船只，亲往沿岛慰喻群心，分遣老幼屯种，因而擒拿海洋大寇。
至七月十五日，臣自旅顺回长山，副总兵毛承禄报称‘敌准于二十二西抵关宁’。
臣一闻言，不觉心胆俱碎。随传令各岛将领，挑选步卒分路截杀。臣亲督精兵，随带沙唬等船五十余只，扬帆旅顺，直抵三岔河，步敌之来路而截杀之。
不意一路逆风，于八月初二，铁山嘴开洋遇东北龙风大飓，臣所坐船，桅斤舵俱折，阽荡四日四夜，命悬顷刻，各将船只绝无影响，臣飘至黄县海都县地方，距登州四十余里，稍得憩息，危而复安。
登州抚臣孙国桢、道臣王廷试、差官延臣进府，问以敌可灭否？臣犹慷慨自
浅析崇祯眼中的毛文龙形象：糜饷庸将、跋扈(6/11)