军斩帅的计谋己经在袁崇焕心中形成。
袁崇焕出关后，致力于大规模地清理整顿关宁兵马，实现他对崇祯缩兵就饷的承诺，并无暇整治毛文龙。
他把清核东江军饷的重任暂且放由兵、户部和登莱抚院去处置。
九月，登莱巡抚孙国桢因包庇毛文龙擅自拥兵入登莱事，被言官劾罢，袁崇焕疏请停推登莱巡抚，登莱军镇改为协镇，以为东江应援，这是袁崇焕统一陆地战场和海上战场事权的开端。
到崇祯元年底，关宁兵马基本清理完成，他开始将整治东江镇的计划付诸实施，用斩帅后他的话说“自去年十二月臣计已定，文龙有死无生矣”。
崇祯元年十二月底，袁崇焕上东江策画一疏，请改东江运道从山海关起运，在觉华岛换舟运，海船需经督师衙门挂号方许出海，严登莱海禁，并置东江饷司以核查钱粮
“东江所以设镇者，为奴贼也，辽土也。为文龙者，宜日远登，日近宁，两军及蚤相见，则牵制而犄角俱成。
以臣愚见，不若仍登莱之海禁，令登协严查，而东江钱粮器用俱从关门起运，至觉华岛登舟。臣岂不知登莱近于觉华，然臣不日复右屯，将渐以东。
今水兵口面，络择海面，直顶及旅顺，以尽舟师之用，文龙何不就辽岸为基，镇江一带尽可生活，老营既定，舟师挨次，而前与觉华之舟师接信，则辽地未复，而辽海全通，樯帆如织，夷必骇目惊心，即未必全神以注宁，得不分力而防，牵制情形，离此便假。
一镇之钱粮，向听文龙自便，而不设文官稽査，非祖制文职钱粮、武职兵马之意。他日销算时，甚为镇臣不便。仍为东江设一饷司，每岁数
浅析东江斩帅之计——“吾崇焕有言，大丈夫(2/13)