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一方面，毛文龙是有该诛之罪，藉由斩帅，东江的离心势力遭到沉重的打击，恶性膨胀的将权也得到压制，明廷得以控制东江，对此崇祯当然欣慰，毕竟东江问题一直让他非常担忧。
正如夏允彝在《幸存录》卷上说“崇焕杀文龙，上亦甚喜，褒谕备至，不嫌其矫制”。
又《明史》卷251《钱龙锡传》云“时文龙拥兵自擅，有跋扈声，崇焕一旦除之，即当宁不以为罪也”。
又《崇祯实录》卷2云“上以文龙骄悖，命崇焕安心任事，且嘉谕之”。
但另一方面，纵使毛文龙其迹该诛，也不应该由袁崇焕操刀。
袁崇焕虽然被授予便宜行事之权，但是生杀大权须禀明于朝廷，何况杀戮的又是大将？
崇祯对于袁崇焕如此大胆的侵权擅杀行为一直心存芥蒂，逮捕袁崇焕时仍执以为词，其后袁崇焕被罗织罪名，擅权斩帅是其中大款。
另外，正如《明史》本传所说，当时崇祯倾心倚任袁崇焕，责以按期收复辽东，只要斩帅有利于收复失地，崇祯可以包容袁崇焕的逾制越权。
正因如此，崇祯对于斩帅的回应是积极的支持。
当时他召问辅臣商量此事，韩爌请求“降诏慰崇焕，一如其所更置”，崇祯表示同意。
此斩帅题本奉圣旨“毛文龙悬跟海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍，卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪，一切处置事宜，遵照敕谕行，仍听相机行”。
为了让袁崇焕安心任事，崇祯特地让首辅韩
袁崇焕东江斩帅始末——“昨日斩你，是朝廷(8/9)