洋大炮、火器甲仗、金钱米粮落入叛军之手，祸乱遂至一发而不可收拾。
孔有德、耿仲明等人发檄引诱东江兵同叛，旅顺营守备陈有时诱杀岛将，率众七八千渡海同叛，广鹿岛副将毛承禄也率众入登反叛，因而“贼势亦张”。
崇祯五年二月，叛军又进攻莱州，新任登莱巡抚谢琏、山东巡抚徐从治固守城中，叛军接连猛攻，徐从治被炮而死。
狡猾的孔有德以愿意受抚迷惑城中明军，谢琏出城招安被俘。
明廷见招抚不成，急令精锐的辽兵和川兵向叛军进攻。
叛军不久撤回登州城，莱州之围方解。
九月，明军包围叛军围于登州城中，奋力攻打，双方死伤惨重，叛将李九成被击毙。
孔有德见势率叛军突围，登船北逃。
总兵官黄龙在旅顺一带阻击叛军，大败叛军，擒获毛承禄、苏有功、陈光福等人，斩杀李应元，孔、耿二叛将率余部逃至盖州，于崇祯六年四月归降后金。
十二月，与孔、耿相善的东江石城都司尚可喜也掠夺长山、广鹿诸岛，绑缚都司孙奠、李承恩等归降后金。
孔有德、耿仲明、尚可喜的兵变，一方面严重削弱了登莱的防御力量，另一方面他们的叛降后金，带走了大量的战船和火炮，很大地壮大了后金的力量，同时又为后金摧灭东江镇、西向进攻关宁乃至入关征战天下，立下了汗马功劳。
他们的叛降和袁崇焕斩杀毛文龙有一定关系，但是事变的主要责任不应该由袁崇焕承担。
东江兵将的移徙登莱留下隐患，明廷专抚政策的失机导致事变不可收拾，才是最主要的原因。
这
浅析己巳之变的实际起因——驳一个根深蒂固(6/12)