众推宿庆祥领帮行运，帮隔数代后，乃至清咸丰四年，太平天国之乱，皇粮遭毁，无法承运粮务，至此後，清帮主要经济命脉断绝，后至清光绪十二年，一百二十八帮半，仅余六大帮头，而最后这六帮，接续传承家运，至光绪二十七年民运改为官运，不再行运江河，昔日千船万旗大江飘的景象，从此之后正式走出历史，指为粮船不开，雀杆不点头，因此後期的清帮弟子，均在陆上行走四方，又称为旱码头入会。
民国时期，大批青帮弟子进入上海，从事各种行业。当时上海工人的百分之八十都属于秘密结社成员，而青帮所占比重最大。由于上海的特殊性，租界和革命党经常需要借助青帮的力量。日本占领上海时期，戴笠也需要利用青帮做情报工作。因此青帮的势力也愈加强大，很多革命党和洪门会员也投入青帮。上海“三大亨”黄金荣、杜月笙、张啸林，同盟会的陈其美、蒋中正，汪寿华皆是青帮人士。
有人认为，清帮是洪门的一支派，其实不然，但确有传说翁、钱二位祖师均乃洪门／天地会会员，且创帮之始，很多成员出身洪门也甚有可能。
虽然清帮与洪门有相当之渊源，但由于实行禅宗制度，所以与洪门中互称兄弟不同，清帮组织是拜师入帮，会众以师徒相称，崇尚“师徒如父子”。清帮组织比洪门更严密，规矩更复杂，于是也更加秘密。因此有言道：“清帮一条线，洪门一大片”。
倾向于行会性质的清帮并未如洪门般强调反清复明，但多少也认同这一思想，提倡“替天行道”。由于清帮并未积极从事反清活动，所以洪门一度将其当作叛徒，严禁洪门会员转投清帮，称“由清转洪，披红挂彩；由洪转清，剥皮
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