妖怪——奈落。奈落诞生后的第一件事就是分别变成犬夜叉和巫女桔梗的样子和双方见面，而被奈落假扮的犬夜叉袭击而身受重伤的巫女桔梗在被背叛的愤怒中，用尽最后的力气把犬夜叉封印在御神木上，然后带着四魂之玉在火焰中死去。
五百年后，巫女桔梗的转世——戈薇，因为自己身体里的四魂之玉，十五岁生日时被突然出现的妖怪百足妖妇强行拉入食骨之井中，跌入犬夜叉被封印后五十年的战国时代，与被封印在御神木上的犬夜叉邂逅，并在与百足妖妇的战斗中解开了他的封印。后来又在夺回被尸舞乌抢走的四魂之玉时，无意间射碎了四魂之玉，使其粉碎成千万片，为了搜集齐所有的四魂之玉，不得已戈薇又和犬夜叉踏上了收集四魂之玉碎片的旅程。
在收集四魂之玉的过程中，他们遇到了被诅咒的弥勒，失去亲人的珊瑚与七宝，以及可爱的云母，并与他们成为了伙伴，一起踏上了旅途。
之后，他们在与同样在收集四魂之玉的妖怪奈落的斗争中一起成长。
而且，在一次次的战斗中，戈薇对犬夜叉有了好感，在收集完四魂之玉消灭奈落后，她为了犬夜叉又独自回到了战国时代……”