南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，此四地所交税粮几乎占了大明的一半。
同时南京户部还负责漕运及全国黄册的收藏和管理，南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。
南京兵部负责南京地区的守备，南京地区的49个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。
南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，京城吏部不得干涉。
这样一来，皇帝和朝廷在南直隶一带的存在感十分的微弱，朝廷的许多政令在南直隶很难得到贯彻和施行。
南京的这些利益集团才是东林党的根本所在，若想对付这些利益共同体，唯有釜底抽薪一策。
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