另一方面，安布雷拉公司的科学家艾肯佛博士为搭救被公司抛弃在城中的女儿安琪拉，以逃生方式为代价请求爱丽丝和防卫人员卡洛斯两组人马帮助。
在浣熊市中爱丽丝最终被保护伞公司抓获。并被要求与由第一部中的角色“马特”改造而成的生化僵尸“暴君”决斗。而暴君残存的人性认出了爱丽丝，在其帮助下爱丽丝一行人赶在核弹爆炸前离开了浣熊市。
浣熊市的覆灭并没有能够控制病毒的扩散。几个星期后病毒很快扩散到了整个世界，病毒不仅吞噬了人类文明，对环境也造成了巨大的破坏。整个世界已是一片遍地丧尸的荒漠，世界毁灭只是时间问题。
爱丽丝作为唯一能与t病毒完美融合的融合，此时已经觉醒了更强的能力，为了不被保护伞公司发行一直隐藏着行踪。在流浪中爱丽丝遇到了一个幸存者小队并一同前往北方的绿洲“洁净之地”。
而安布雷拉公司的各国总部都躲在地底之下继续着他们的研究。科研小组组长埃萨克博士研究发现爱丽斯的血液中的抗体不仅可以对抗t病毒。。甚至有可能逆转病毒的效果，最后达到驯化丧尸的目的。
但是由于缺少爱丽斯的母体实验变得很困难，埃塞克博士不得以在研究基地中制造了大量爱丽丝克隆体。
最后弄巧成拙自己被丧尸试验品咬伤感染病毒，变成了半人半尸的怪物。爱丽丝最终在科隆体的协助下击败了丧尸博士，并集结了大量科隆体，踏上了接下来的征途。
之后，爱丽丝带领着她自己的克隆人军团攻入保护伞公司东京基地，终于面对了她命运中的宿敌——安布雷拉公司ceo威斯克。与威斯克的对决令
第二百三十八章小丑出征(3/4)