东江军镇总兵官，先是与登莱总兵沈有容相失。
毛文龙与沈有容闹矛盾主要是因为两件事
其一是刘兴祚约降事。
当时刘兴祚通信谋反正，谕令登莱总兵沈有容与东江总兵毛文龙率兵接应，谋取南卫，不意水兵上陆被后金擒人焚船，“复州之人欲叛”的消息传闻于努尔哈齐（《满文老档·太祖朝》），致后金屠迁复州军民，沈有容与毛文龙相互指责。
其二是收复金州之事。
沈有容认为“金州孤悬海外，登州、皮岛倶远隔大洋，声援不及，不可守”（《明史》卷270《沈有容传》），东江镇属下麻洋岛守备张盘率兵乘后金弃城敛兵之际入居金州，希望登莱之兵协防金州，但是登兵并没有积极协防救援，毛文龙愤慨道“无奈西来之将，每见冰解，虎势稍宁，遂则扬帆至鲜，鬼溷一番，或杀顺民，拐带子女，猛见风高，委称验功，超然而去矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启四年二月十六日塘报》）
接着又与登莱巡抚武之望严重不和。
明廷在登莱设立抚臣，原本是防范后金南下，并与山海关、广宁成三方并进之势，其职责是节制登莱与东江两镇、清核兵马钱粮、稽查功罪、调发分防、规划信地营制等。
毛文龙作为东江镇总兵官，虽有便宜行事之权，但程序上还是要受登莱抚臣节制。
天启五年正月，原属东江信地的旅顺失陷，在旅顺防守的责成上武之望与毛文龙出现矛盾。
这年三月，武之望上疏明廷裁断旅顺信地应归属登莱，还是归属东江，兵部的意见是“旅顺应属登州必然之画也”，“今已设游击一员专守旅顺，当专
晚明将权的恶性膨胀与阉党乱政之弊端——以(3/15)