是明廷对于是否移镇并没有形成统一的意见。有人主张移镇旅顺，有人主张移镇盖州套，有人反对移镇，而当时举足轻重的袁崇焕则认为听毛文龙自择近地移镇，在这种情况下，移镇之事本来就很难坚决执行。
如朝鲜人所说“毛帅移镇之事业奉圣旨，而诸臣论议，尚多异同，不无中寝之虑”“窃详袁抚台咨中之语，都督移镇之事，似是完定，而天朝不曾明定所移之处，只令毛将自择便宜，可想天朝亦有难处之势，不免作此含糊语也”
再加上鞍山之役被包括袁崇焕在内的一些人认为是牵制之功，因而明廷认为毛文龙仍然可以对后金有所牵制，只是因为接济不及时使之有所牵掣。
朝廷令毛文龙自己审处，毛文龙认为东江的地理位置可以出奇制胜，明确反对移镇，这样移镇之议暂时消停。
客观地说，不主张移镇的说法也是有一定道理的，在丁卯之役朝鲜受挟之前，东江军镇就其地理位置来说，虽有接济困难的问题，但具有袭扰后金后方、与正面战场相策应、确保朝鲜贡道、招揽辽民等战略地位，因为不能牵制后金便欲移镇搬迁是因噎废食。
主张移镇者是希望东江能与关宁离得更近，更好地协同指挥，呼应支援，与正面战场犄角作战，但一移镇势必放弃东江镇本来能起到的一些作用，而且移镇至何地又是头疼的问题，因为旅顺虽是交通要道但地狭不能多驻军，盖州套离敌太近难防敌人突袭，不管移镇到其中哪一个，都存在一些新的问题，而大规模的迁徙军民又与安土重迁的民心相违背，东江的辽民也不赞成移镇。
这样，移镇本身存在着许许多多的复杂问题。正如当时任职淮营都司的周文郁
天启年间东江军镇移镇风波始末及辨析——驳(14/19)