对此，孟森有一段精彩的评论“乃至北都既覆，弘光之朝，正人君子，尚理崇焕通敌胁和之说，津津而道，若情事逼真。
此则明统一日不绝，崇焕功罪一日不明。
天启朝实录中，多有毛文龙之罪状；至归恶崇焕以后，反以文龙为贤，谓文龙为建州所深忌，非杀文龙必不能取信于建州。
夫而后崇焕之杀文龙，乃与通敌胁并为一事。此不必佥邪为是言，贤者亦为是言，是可恫矣”。
直到清修《明史》，反间计出，袁崇焕得到了平反，套在他身上的“斩帅践约”罪名被解除，毛文龙案因而出现转机。
在武英殿本《明史》中，《毛文龙传》附于《袁崇焕传》中，主要是因其事迹紧密相涉。
传中述及毛文龙称“顾文龙所居东江形势，虽足牵制，其人本无大略，往辄败衅，而岁糜饷无算，且惟务广招商贾，贩易禁物，名济朝鲜，实阑出塞，无事则繁参贩布为业，有事亦罕得其用”。
论及袁崇焕斩帅，以《东江始末》及当时邸报为据，摈弃了明清易代之际流行的种种“斩帅践约”的谬说，但又说“然岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者”，结论是“崇焕妄杀文龙”。
《袁崇焕传》沿袭了崇祯初的糜饷无功说，对于毛文龙的种种不法不甚了了，认为袁崇焕斩帅的理由是不充分的，且因为后来的孔、耿之叛，对袁崇焕的斩帅有否定的意味，故持妄杀之论。
作为权威的官方正史，《明史》的影响很大。
在袁毛功罪的问题上，它既批毛牵制无用，又指袁无罪妄杀的中立立场，不仅不能调停袁毛争论，反倒使争论愈演愈烈。
毛案的舆论反复：“生文龙，天不幸；用文龙(13/14)