时正是东南季风盛行，故能顺风航行，如若无风或风向不对，拖延时日，到了冬季沿海冰封，北风盛行，冬春之季是不适合海运的（初冬西风可运），这就必然出现半年以上军需无继的情形。
以鲜运初开的天启二年为例，该年主持天津辽饷发运的毕自严在给户部尚书汪应蛟的信中称“大都力里风涛，飞合輓粟，原是至艰至险之事。前七月间在霑化县失风一次，至八月间在刘公岛又失风一次，嗣是音耗不通，外论喧传，谓黄参将、孟推官俱无下落，粮艘仅到一半，令人惊愕，不知所措”。（毕自严《与汪澄源》）
另一个原因是漂损，夏秋之交在辽东半岛沿海常有大风大浪，船只开洋例在途经各岛祭祀天妃，祈求海波宁静。但是事有不测，风浪之来，船只轻者靠岸停泊守冻或者船损米烂，重者漂失，人物两空。
即以上述天启二年的鲜运为例，发运十万九千余石，实际运到只有九万二千余石，总共失风、漂失一万七千余石，军火、器械只到十之七八，而损伤船只已达四十八只，占了发运船只的近三分之一。正因如此，天津的鲜运粮料一开始是以“十完七八为功”，其后，运道渐熟，实收率常常接近甚至超过百分九十。不过，正如毛文龙所说“粮船遭飓，每年定坏二十余只，或有人船俱没者，或有船没人存者。既经报查，不得不怜其流离困苦，出与实收，以图其后运”，如此说来，即是实收的部分里也有溃烂不能食的米粮。（《东江疏揭塘报节抄》卷7《崇祯元年十月二十一日具奏》）
人为原因一是理饷官员的直接侵没，二是解官以粮饷银置货牟利。
如《明熹宗实录》卷55载“逮解盗接济毛帅帯银都司
晚明军饷转运与理饷官员贪腐之弊端——以毛(11/16)