如崇祯三年五月，兵科给事中陶崇道称“即如东江先帝时，不早讲求，而使崇焕借以行其私，毛文龙无罪就戮，当时尚有昌言誉之者
……今闻岛兵又已告变，夫既不地之于先，将何法善之于后，臣谓岛师以思故帅而起，则文龙之子承禄现在都门，可使以片语定之，但宜速不宜缓耳”。
得旨“东江戢乱事宜，兵部速议以闻”。（《崇祯长编》卷34）
六月，兵部尚书梁廷栋覆疏称“若东江一事，盈廷之议，谁执其咎。
平心而论，文龙即可杀，而崇焕非杀文龙之人，崇焕即不杀文龙，亦无所逃于失陷封疆之罪。
至于所用之将可不可，判然各别，又不必从文龙、崇焕起见也。
近闻刘兴治之报，臣部原议有能定其变、抚其众者，即以大将印佩之，科臣谓文龙子承禄身为副将，久历行间，现在都门，知之必实，应令仍归守岛，听枢辅酌量委用可也”。（《崇祯长编》卷35）
崇祯三年五月，明廷收复了关内失地，始对事变责任人袁崇焕进行清算，斩帅一事逐渐成了袁崇焕的罪名。
八月初四日，山东道御史称“去辅钱龙锡主张袁崇焕斩帅致兵，倡为款议，以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过。
当龙锡出都，细软数万，皆崇焕马价寄之伊亲锦衣卫指挥徐本高家，巧为钻营，使皇上法不得伸。
乞敕问刑衙门从实严讯，崇焕曾否通书，龙锡曾否主谋，则擅权主款，罪状自不能掩矣。
得旨“崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父，失误封疆，限刑部五内具奏。龙锡职任辅弼，私结边臣，商嘱情谋，互蒙不举
毛案的舆论反复：“生文龙，天不幸；用文龙(10/14)