，下廷臣佥议其罪”（《崇祯长编》卷37）
八月十六，崇祯磔杀袁崇焕，并在平台召对宣谕其罪状“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虎约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散遣援师，明拟长驱，及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞”。
擅杀逞私、谋款杀帅、斩帅践约正式成为袁崇焕法定的罪名。
支持袁崇焕杀帅的辅臣钱龙锡，则被削职论死，后减等戌边。
而之前上疏盛赞斩帅的科道官“皆罢斥”，毛羽健、毛九华、王应斗更被判以谪戍。
崇祯对毛文龙功罪一直了然于心，他虽然顺应“斩帅践约”的朝议，将擅杀大帅作为袁崇焕的一大罪状，但是他并不认为毛文龙罪不当诛。
当毛文龙党羽藉袁案订立之际，为毛文龙翻案，马上遭到崇祯的训斥。
崇祯三年六月，“前东江副总兵毛承禄诉父文龙之冤”，声称毛文龙十年来“种种奇绩，未易悉数”，不幸“隅命于逆臣之剑銘”，崇祯“不听”。
崇祯三年十月，东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，崇祯的旨意是“文龙历年糜饷，牵制无功，文煌岂得借端渎奏，本当究处，姑念愚弁从宽，其文龙骸骨准亲人领埋”。（《崇祯长编》卷39）
可见，在崇祯看来袁案和毛案是两码事，不能因袁案的订立而为毛案平反。
正如赵维寰所说
“夫上而信以毛帅为不当斩，何东江请恤之疏至，而严旨切责，不少假借，如曰‘毛文龙糜饷百万，掎角无功，何得乘机，妄称忠义’，天语煌煌，读之犹足
毛案的舆论反复：“生文龙，天不幸；用文龙(11/14)